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復合碳源在環境工程領域具有廣泛的應用前景，特別是在污水處理和土壤修復等方面。

污水處理：復合碳源可以作為反硝化細菌的碳源，用于去除污水中的氮元素。在缺氧條件下，反硝化細菌能夠利用復合碳源進行反硝化反應，將硝酸鹽還原為氮氣，從而實現污水的脫氮處理。

土壤修復：復合碳源還可以用于土壤修復中，為土壤中的微生物提供營養，促進微生物的生長和代謝活動，從而加速土壤中有機污染物的降解。